Ученые МФТИ, Сеченовского университета, компании «Онкобокс», РОНЦ имени Блохина, Московского научно-исследовательского онкологического института имени П. А. Герцена и других организаций провели первое в мире совместное клиническое исследование возможности использования данных секвенирования РНК опухоли для персонализированного назначения таргетных противораковых препаратов. Результаты исследования опубликован в журнале Computers in Biology and Medicine.
Несмотря на существенный прогресс в области прецизионной онкологии и молекулярной диагностики, около 90% онкобольных до сих пор не получают пользы от молекулярных тестов. Это связано с тем, что их опухоли не содержат так называемые клинически значимые мутации, список которых до сих пор невелик. Именно эти мутации надежно предсказывают ответ опухоли на терапию. Когда их не находят, персонализировать терапию не представляется возможным. В итоге большинство пациентов не получают выгоды от генетического обследования.
Новый подход, основанный на изучении непосредственно активности генов-мишеней противораковой терапии в опухоли, позволяет решить эту проблему. Так получается выявить молекулярные мишени препаратов, которые активированы или подавлены в конкретной опухоли. В отличие от рутинного генетического тестирования, этот подход оказывается информативен практически для каждого пациента, если есть возможность взять материал опухолевой ткани.
Созданная учеными платформа «Онкобокс» анализирует гены-мишени и молекулярные пути, активированные в конкретной опухоли, и, основываясь на этом, выдает персонализированный рейтинг препаратов, которые будут активны против таких активированных мишеней. Как показало клиническое исследование, выбор препаратов, построенный на основе рейтинга, помогает врачу назначить более эффективное лечение, чем с использованием рутинно применяемого подхода.
В исследовании приняли участие 239 взрослых пациентов с солидными опухолями. Препараты, рекомендованные платформой «Онкобокс», были назначены в 59% случаев. В остальных случаях пациенты получали терапию, которая, по прогнозам платформы, была неэффективной.
«В нашем исследовании впервые для назначения противоопухолевой терапии использовали данные, которые получили при секвенировании РНК опухолей конкретных больных. Этот инновационный способ позволяет точно рассчитать активность генов-мишеней в опухоли и спрогнозировать эффективность более 170 препаратов для конкретного больного. На основе созданного рейтинга врач может составить индивидуальный план лечения», — рассказал об исследовании Антон Буздин, профессор РАН, заведующий лабораторией трансляционной геномной биоинформатики МФТИ.
В ходе исследования ученые выявили статистически значимое превышение частоты ответа опухоли на лечение и контроля над заболеванием в группе «Онкобокс» по сравнению с контрольной группой почти в два раза. Несмотря на то, что они находились на более тяжелых стадиях, пациенты из группы «Онкобокс» также отвечали на лечение приблизительно на 10 месяцев дольше, чем пациенты из контрольной группы.
«Следует отметить, что речь здесь идет в основном про больных на 4 стадии рака, имеющих метастазы. То есть это наиболее тяжелая группа больных. И даже в этой группе алгоритмически подобранная терапия показала весьма высокую эффективность», — подытожил Антон Буздин.
