Родился 9 ноября 1945 года. Окончил факультет молекулярной и химической физики МФТИ по специальности «молекулярная биофизика» в 1969 году. Работал в Институте молекулярной биологии АН СССР, затем в Институте биоорганической химии РАН. Возглавил кафедру биоинженерии биологического факультета МГУ с момента ее основания в 2000 году, с 2006 года года является деканом. Был избран академиком РАН в 1997 году.

Научная работа Михаила Кирпичникова связана с исследованиями ряда рекомбинантных белков и пептидов, представляющих интерес для медицины и биотехнологии, изучением их структуры и функции, а также структурно-функциональных отношений в белковых молекулах.
Главные научные заслуги академика Кирпичникова:
- одним из первых в мире предложил новый подход для изучения структуры белков и их комплексов с ДНК, основанный на согласованном использовании приемов генетической инженерии, химического синтеза олигонуклеотидов и физического анализа структуры биополимеров;
- получил пионерские результаты по конструированию и исследованию искусственных белков, участвовал в создании дизайна и получении первого в мире белка de novo с заданной структурой и функцией.
Михаил Кирпичников о российской вакцине от коронавируса: «Особенность нашей вакцины и ее огромное преимущество в том, что она рассчитана стать поливалентной вакциной. Она предназначена для помощи здоровому организму быть готовым к любой коронавирусной инфекции. Как известно, человек восприимчив к семи типам коронавирусов. Четыре из них приводят к легким простудным симптомам, а три из них — очень серьезные, которые сопровождаются осложнениями».
Проект к 80-летию Физтеха. Академики АН СССР и РАН — выпускники МФТИ.
